Під протозойними захворюваннями кишечника розуміють захворювання, які викликаються патогенними найпростішими, що паразитують у кишечнику і спричиняють ураження кишкової стінки та розлади діяльності кишечника.

Найпростіші (Protozoa) складають велику групу одноядерних представників тваринного світу. Загальна кількість видів найпростіших перевищує тисячу, проте лише деякі з них є збудниками хвороб. Безперечно, патогенними для людини є: дизентерійна амеба (Entamoeba histolytica), яка спричиняє амебіаз, та кишечна інфузорія-балантидія (Balantidium coli), що спричиняє балантидіаз. Треба вважати умовнопатогенними лямблії (Lamblia intestinalis) та кишкові кокцидії (Isospora hominis). Крім того, в кишечнику людини знаходяться й інші найпростіші, патогенна роль яких недостатньо вивчена.