Мікробіологічні методи дослідження. До цих методів належать:

1) мікроскопічне виявлення збудника,

2) бактеріологічні,

3) серологічні,

4) біологічні  

5) шкірні діагностичні методи дослідження.

Крім того, тепер дедалі ширше вдаються до спеціальних вірусологічних досліджень.

Мікроскопічне виявлення збудника полягає в мікроскопії препаратів з матеріалу, взятого , безпосередньо від хворого (мазки крові, гною, слизу із зіва, виділень з виразок, фекалій, сечі, спинномозкової рідини, пунктату з лімфатичних вузлів, кісткового мозку тощо). За допомогою мікроскопії можна швидко знайти збудників малярії, поворотного тифу, лептоспірозів, протозойних колітів (амеби, лямблії, балантидії), чуми, туберкульозу, сибірки, а також яєць гельмінтів.

Коли безпосередня мікроскопія не дає можливості знайти збудника хвороби, тоді вдаються до методів бактеріологічної діагностики шляхом виділення культури збудника при посіві матеріалів, узятих від хворих, на відповідні живильні середовища. Користуються такими методами: гемокультур (посіви крові) для діагностики черевного тифу, паратифів, септичних захворювань, бруцельозу; копрокультур (посіви калу) для виділення збудників черевного тифу, паратифів, салмонельозів, патогенних штамів кишкової палички, амебіазу, холери; посівом блювотних мас при холері, салмонельозах та інших харчових токсикоінфекціях; методом уринокультур (посіви сечі) при черевному тифі, паратифах, лептоспірозах; виділення культур з мокротиння, слизу із зіва (дифтерія, скарлатина, коклюш, менінгококова інфекція тощо), спинномозкової рідини, пунктатів з бубонів (чума), виділень із виразок (сибірка).

При багатьох інфекційних хворобах (туляремія, чума, холера, сап, лептоспіроз, рикетсіози, іноді — дифтерія та ін.) користуються біологічними дослідженнями: прищеплюють лабораторним тваринам матеріал, узятий від хворих. При вірусних хворобах заражають курячі ембріони, вирощують вірусів на тканинних середовищах, визначають цитопатичний ефект тощо.

Знаходження збудника при дослідженнях (виділення тифозних паличок, дифтерійних та ін.) не завжди свідчить про наявність захворювання і може бути лише ознакою пасивного носійства (позитивна копрожультура при черевному тифі, виділення культури дифтерійних паличок із зіва). Тому ці методи цінні лише при наявності певних клінічних проявів захворювання.

Поруч з бактеріологічними аналізами досить широко використовують серологічні дослідження, найчастіше реакції аглютинації, їх застосовують для діагностики черевного тифу та паратифів (реакція Відаля), дизентерії, висипного тифу (реакція Вейля — Фелікса та реакція аглютинації з рикетсіями), бруцельозу (реакція Райта та Хеддльсона), чуми, туляремії, лептоспірозу і т. д. Останнім часом стали виявляти антигени збудників за допомогою флуоресцентних антитіл (черевний тиф, холера, грип та ін.). За останній час в серологічну діагностику деяких інфекційних хвороб увійшла реакція непрямої гемаглютинації (черевний та висипний тиф, дизентерія, бруцельоз тощо).

Для діагностики інфекційних захворювань (висипний тиф та інші рикетсіози, бруцельоз, грип тощо) нерідко користуються реакціями зв’язування комплементу.

При захворюваннях вірусної етіології часто застосовують сироваткові реакції віруснейтралізації (грип, поліомієліт, сезонні енцефаліти), сироваткові реакції гальмування гемаглютинації (грип).

Реакції преципітації застосовують порівняно рідко (наприклад, реакції кільцепреципітації Асколі при сибірці.

Серологічні методи дослідження менш специфічні, ніж бактеріологічні. Вони стають позитивними здебільшого через деякий час після початку захворювання. Діагностичну цінність мають лише позитивні реакції у високих розведеннях; часто потрібна повторна постановка серологічних реакцій для того, щоб встановити нарощування титру антитіл, що має, безперечно, більше діагностичне значення, ніж одноразове дослідження. При вірусних інфекціях серологічні дослідження роблять з парними сироватками: першу сироватку беруть на початку захворювання, другу — для виявлення наростання титру антитіл — в періоді одужання.

Біологічні методи дослідження. Для діагностики багатьох інфекційних хвороб застосовують біологічні методи дослідження — прищеплюють лабораторним тваринам матеріал, взятий від хворих.

При натуральній віспі користуються так званим методом Пауля (введення в скарифіковну рогівку кроля вмісту віспяних пухирців або емульсії з розтертих кірочок). Кров хворих вводять у черевну порожнину морським свинкам при ботулізмі, іктерогеморагічному лептоспірозі, різних рикетсіозах, іноді при сибірці, чумі, туляремії. Пунктати з бубонів, виділення з виразок також впорскують тваринам при чумі, сибірці, туляремії. Іноді користуються так званим скротальним феноменом, коли при впорскуванні самцеві морської свинки матеріалу, взятого від хворого, в тварини виникає періорхіт (при сапі, рикетсіозах). Біологічними засобами користуються також для діагностики холери (феномен Ісаєва — Пфейффера), ящура та ін.

При деяких хворобах (трихінельоз, цистицеркоз) застосовують методи біопсії.

Шкірні діагностичні реакції побудовані на використанні з діагностичною метою реакції імунітету та місцевої алергії і проводяться у вигляді шкірних, частіше внутрішньошкірних проб, рідше очних. Типовими реакціями, побудованими на явищах імунітету, є реакції «токсин — антитоксин» (Шіка при дифтерії, Савченка — Діка при скарлатині). До шкірно-алергічних реакцій належать туберкулінові (Пірке, Манту), реакція Бюрне при бруцельозі, реакція з тулярином при туляремії, малеїнові реакції при сапі. Зараз розроблені діагностичні шкірно-алергічні реакції при дизентерії, свинці та інших інфекційних хворобах.

Користуючись мікробіологічними методами діагностики як методами етіологічного діагнозу, треба пам’ятати, що дані цих досліджень не в усіх випадках є вирішальними. Клініцист може встановити остаточний діагноз дифтерії, дизентерії, черевного і висипного тифів та багатьох інших захворювань при негативних даних мікробіологічних досліджень і, навпаки, враховуючи можливість носійства дифтерійних паличок, може заперечувати діагноз дифтерії при позитивних даних лабораторного дослідження.

Загальні клініко-діагностичні дослідження. При всіх інфекційних хворобах, крім засобів етіологічної діагностики, широко користуються загальними клініко-лабораторними дослідженнями. Особливо велике значення для діагностики, в меншій мірі для клінічної оцінки має вивчення картини крові. Певну роль при цьому відіграє визначення швидкості осідання червонокрівців.

Крім гематологічних, роблять і звичайні лабораторні дослідження інших матеріалів (аналіз сечі, мокротиння, ексудатів, трансудатів). Певне діагностичне значення мають мікроскопічне і хімічне дослідження фекалій при дизентерії (копроцитограма, реакція Трибуле) та амебіазі (виявлення еозинофіли, кристалів Шарко — Лейдена). Для диференціальної діагностики менінгітів застосовують мікроскопічне та хімічне дослідження спинномозкової рідини (цитоз, цитограма, кількість білка, цукру, хлоридів). При грипі мають значення дані риноцитоскопії.

Для діагностики окремих інфекційних захворювань важливі також біохімічні дослідження, особливо при інфекційному гепатиті (кількість білірубіну в крові, рівень цукру, дослідження функціональної здатності печінки, активність ферментів крові - альдолази трансамінази тощо). При потребі визначають залишковий азот ферменти сечі та багато інших показників.

Інструментальні та спеціальні дослідження. Серед них слід назвати рентгенологічне дослідження легенів, кишечника, електрокардіографію, ректороманоскопію, яка широко застосовується для діагностики дизентерії, протозойних колітів та інших уражень дистального відділу кишечника. При дифтерії, вірусному крупі користуються ларингоскопією та риноскопією. З метою виявлення ускладнень  у вусі вдаються до відповідних досліджень органу слуху

З усього вищесказаного видно, що сучасна діагностика інфекційних захворювань побудована на комплексних даних клінічного та лабораторно-інструментального дослідження.